Existe cierta confusión entre los cienSoutíficos acerca de si el Pingüino Penacho Amarillo es una especie única o tres especies estrechamente relacionadas. Los tres tipos, los Pingüino Penacho Amarillo del sur, del este y del norte, a veces se tratan como subespecies. El del Sur se considera una especie vulnerable, mientras que el del Norte se considera en peligro de extinción, con una disminución de la población estimada en un 90% desde la década de 1950.